Durante los primeros años de vida republicana, los esteros, ríos navegables y accesos a puertos marítimos no contaban con mucha ayuda y referencias para la buena navegación. Las Cartas Náuticas de las cuales se servían los navegantes en nuestras costas eran incompletas, lo que en muchas ocasiones provocaban varamientos de buques y otros accidentes.

En cuanto a los faros y fanales, se contaba con muy pocos, siendo uno de los más antiguos el de la Isla Santa Clara que en 1840 ya estaba en servicio, al igual que los instalados en Punta de Piedra, Posorja, Isla Jambelí, Punta Mandinga, Santa Elena y Data. Desde esa época hasta la presente ha sido la Armada la institución que brinda este tipo de servicio público al Estado.

De acuerdo a lo expuesto, el 2 de febrero de 1932 se crea el Servicio Hidrográfico, cuando el Dr. Alfredo Baquerizo Moreno estaba encargado del poder, las funciones del Servicio para ese entonces, se circunscribían a los levantamientos hidrográficos que sirvieron para las ediciones de las primeras cartas náuticas de la costa ecuatoriana.

En los primeros años las actividades del Servicio eran limitadas, fue recién en 1965 en que nuestra Armada adquiere un buque para que realice los trabajos de levantamientos e investigaciones hidrográficas, esta unidad cumplió sus labores hasta el año 1979.

Para ese entonces el Servicio Hidrográfico había sido elevado a la categoría de Instituto Oceanográfico el 18 de julio de 1972, mediante Decreto Ejecutivo No. 642, encargándose de la ardua y privativa tarea de proporcionar seguridad a la navegación, llevar a cabo la investigación oceanográfica, así como compilar la cartografía náutica nacional, siendo además representante del Estado ante organismos internacionales.

El 16 de noviembre de 2011, por mandato presidencial N.o 940, se adscribe al Ministerio de Defensa Nacional (Midena). El 8 de mayo de 2020, a través del Decreto Ejecutivo N.o 1038 emitido por el presidente Lenín Moreno, se fusiona con el Instituto Antártico convirtiéndose en el Instituto Oceanográfico y Antártico de la Armada (Inocar), dependiente de la misma cartera de estado.