Esta caracterización constituye un proceso de búsqueda de información, que permite identificar los problemas ambientales y sus causas, a partir de necesidades, potencialidades y recursos en una realidad concreta en sus aspectos naturales, socio-económicos, culturales y educacionales.

El propósito de la caracterización ambiental es efectuar un monitoreo y evaluación de la calidad de los ecosistemas en las áreas de estudio, por medio del análisis de los componentes: Biológico, Química y Física.

Los procedimientos y metodología para el análisis de la componente Biológica y Química se detallan a continuación, la componente Física fue detallada en la caracterización Oceanográfica.